Параллельное моделирование Монте-Карло на системах с распределённой памятью

Л.И. Рубанов

Abstract


Рассматривается задача параллельного моделирования многочисленных итераций метода Монте-Карло на суперкомпьютерах с распределённой памятью. Требуется обеспечить эффективное использование вычислительной мощности кластера при различной трудоемкости итераций и/или производительности процессоров. Проанализированы известные методы распараллеливания циклов обработки и получены эмпирические оценки их эффективности для двух часто встречающихся видов неоднородности итераций.

Full Text:

PDF (Russian)

References


Рубанов Л.И. Обработка больших данных в параллельных циклах //Сборник избранных трудов VIII Международной конференции «Современные информационные технологии и ИТ-образование». – 2013. – М.: ИНТУИТ.РУ, 2013. – С. 769-772.

Любецкий В.А., Рубанов Л.И., Селиверстов А.В., Пирогов С.А. Модель регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК //Молекулярная биология. – 2006. – Т. 40, № 3. – С. 497-511.

Любецкая А.В., Рубанов Л.И., Гельфанд М.С. Применение потоковой модели для изучения метаболизма Escherichia coli //Биохимия. – 2006. – Т. 71, выпуск 11. – С. 1544-1549.

Lyubetsky V., Pirogov S., Rubanov L., Seliverstov A. Modeling Classic Attenuation Regulation of Gene Expression in Bacteria //Journal of Bioinformatics and Computational Biology. – 2007. – Vol. 5, no. 1. – P.155-180.

Lev Rubanov and Vassily Lyubetsky. RNAmodel Web Server: Modeling Classic Attenuation in Bacteria //In Silico Biology. – 2007. – Vol. 7, no. 3. – P. 285-308. http://www.bioinfo.de/isb/2007/07/0044/

Любецкий В.А., Жижина Е.А., Рубанов Л.И. Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена //Проблемы передачи информации. – 2008. – Т. 43, выпуск 4. – С. 52-71.

Lyubetsky V.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta //Biology Direct. – 2010. – Vol. 5, no. 34. http://www.biologydirect.com/content/5/1/34

Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase competition: the effect of sigma-subunit knockout and heat shock on gene transcription level //Biology Direct. – 2011. Vol. 6, no. 3. http://www.biologydirect.com/content/6/1/3

Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Pirogov S.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates //Biology Direct. – 2012. – Vol. 7, no. 26. http://www.biologydirect.com/content/7/1/26

The OpenMP API specification for parallel programming. http://openmp.org/wp/openmp-specifications/

Message-passing interface forum. MPI Documents http://www.mpi-forum.org/docs/docs.html

CENTAUR software tools for hybrid supercomputing http://centaur.botik.ru/home

В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков «Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений» //Математическая биология и биоинформатика. – 2013. – Т. 8, № 1. – С. 225-233.

Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук. http://www.jscc.ru/scomputers.shtml


Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Abava  Absolutech Fruct 2020

ISSN: 2307-8162